在组织申报环节，面向优青项目申请者的《项目指南》等引导性文件内容较为简单，未能结合科技自立自强新形势新要求提出明确政策导向，不利于引导科研人员更加主动把世界科技前沿同国家重大战略需求和经济社会发展目标结合起来。

优青项目评审专家最看中申请人以往的科研成就，对项目研究本身的创新性关注不够，评审标准执行还不够有效；目前评审专家来源仍不够广泛；近年一些学科领域存在“打招呼”现象，为此自然科学基金委于近期开展专项整治，人才遴选评审的公平公正性还需进一步提升。

项目资金结余经费普遍较多，资助标准与各学科科研实际需求存在一定偏差。

个别项目未按照任务书开展研究，研究成果与申请内容存在较大差异，仍正常通过验收，结题验收等考核评价较为宽松，个别科学部仅要求《结题报告》就即可通过验收，“重申请、轻实施”，质量导向不够突出，不利于充分保障项目实施成效。

有些科研单位视优青项目为人才“帽子”，将是否获优青项目与职称评聘、资源分配等直接挂钩，不利于未获项目资助的科研人员后续拥有平等从事科研工作的机会和公平竞争的环境。